PlantAlize – 画像解析ソフトウェア

プログラミング不要の直感的操作
高精度な自動セグメンテーション
疑似カラーによる視覚化とトレーサビリティ
多彩なデータ一括出力（.txt / .csv / .tiff）

測定できる単位：: Fv/Fm、ΦPSII、NPQ、OJIP

NDVI、Chlorophyll Index、Anthocyanin Index

面積単位（mm2/cm2ピクセル数）

Projected Leaf Area、Convex Hull Area（凸包面積）

長さ・寸法単位（mm/cmピクセル数）

葉長、葉幅、最小外接円（Minimal Circle）直径

HSV/LAB/RGB値、counts

Hue（色相）、Saturation（彩度）、Lightness（明度）、波長別蛍光強度・分光反射強度

概要

PlantAlize画像解析ソフトウェアは、PhenoVationシステムからのRGB画像、光合成データ、マルチスペクトル画像、GFP/RFPデータをサポートしているほか、ユーザーが独自のRGB画像をインポートすることもできます。組み込みのセグメンテーションモデルにより、植物を背景から自動的に分離し、一貫性のある信頼性の高い結果を保証します。

PlantAlizeには3つのライセンス形態があります：

無料RGB版（Free RGB Edition）
標準ライセンス（Standard License）
エンタープライズライセンス（Enterprise License）

ライセンス間の完全な比較については、ページ下部の機能比較表をご参照ください。

データ表示・画像エクスポート

本システムによって生成されたすべての画像は、疑似カラーテーブル（False Color Table）を使用してエクスポートされます。このアプローチにより、植物パフォーマンスの微妙な変化が明確な視覚的差に変換され、異常を一目で簡単に特定できるようになります。ストレス反応、光合成効率の低下、または植物の健康問題の初期兆候が、複雑なデータ解釈を必要とせずにすぐに把握できます。

エクスポートされた各画像は、追跡可能性と明確性を確保するために完全に文書化されます。各画像の下部には実験番号と試験名が自動的に含まれ、測定への直接的な参照が提供されます。さらに、疑似カラーテーブルの凡例が画像内に埋め込まれているため、外部ドキュメントを参照することなく、各カラースケールの意味を即座に理解できます。

この視覚的な明瞭さと組み込みのメタデータの組み合わせにより、すべての画像が解釈しやすいだけでなく、レポート作成、高度な分析、チーム間での共有にすぐ活用できます。

ヒストグラムのエクスポート

本システム内で処理されたすべての画像には、自動生成されたヒストグラムが添付されます。これらのヒストグラムは、各画像の背後にあるデータの明確で定量的な概要を提供し、視覚的な情報を測定可能な分布に変換します。これにより、植物パフォーマンスの変動を迅速に評価し、輝度値・強度値の変化を特定して、画像だけでは判別しにくい微妙な変化を検出できます。

各ヒストグラムは「迅速な視覚化・レポート用の高画質画像」および「詳細なデータ分析用のCSVファイル」の2つの形式でエクスポートされます。これにより、結果を視覚的に即座に解釈するだけでなく、お好みの分析ツールで生データをさらに解析する柔軟性が得られます。

すべてのヒストグラムは対応する画像に直接リンクされており、実験番号と試験名が含まれるため、データセットの完全なトレーサビリティが保証されます。

個体別平均テキストファイル（.txt）

PlantAlizeで解析を実行すると、テキストファイル（.txt）が即座に自動生成され、植物ごとの結果概要が明確に提供されます。このファイルには測定されたすべての指標の平均値が含まれており、複雑なデータセット構造を使いやすいフォーマットに変換します。

植物（個体）ごとに平均を算出することで、実験内の個体差、ストレス応答の違い、成長発達のばらつきを迅速に比較・特定できます。また、実験番号や試験名などの識別子が含まれているため、既存のデータワークフローへのシームレスな統合が可能です。

PlantAlize 無料チュートリアル

本チュートリアル動画では、以下の基本操作について解説しています：

画像の読み込み（Opening Images）
植物の領域抽出（Segmenting the plant）
解析結果の出力と確認（Outcome of the analysis）

パッケージごとの機能（比較表）

機能・仕様	無料版 (Free)	標準版 (Standard)	エンタープライズ版 (Enterprise)
サポートデータ・解析項目（Supported Data Files）
PhenoVation データの読み込み	-	X	X
各種 RGB 画像の読み込み	X	X	X
RGB 画像の色相・色彩解析	X	X	X
純蛍光解析（Pure Fluorescence）	-	X	X
PAM 暗適応解析	-	X	X
PAM 明適応解析	-	X	X
PAM クエンチング解析	-	X	X
OJIP 暗適応解析	-	X	X
OJIP 明適応解析	-	X	X
非光化学消光（NPQ）解析	-	X	X
PAM 順応曲線解析	-	X	X
GFP 蛍光タンパク質解析	-	X	X
RFP 蛍光タンパク質解析	-	X	X
Alpha スペクトル解析	-	X	X
PhenoVation データからの色彩解析	-	X	X
分光スペクトル解析（Spectral Analysis）	-	X	X
UV 365nm 解析	-	X	X
形態学的解析（Morphological Analysis）	X	X	X
セグメンテーション（領域抽出）機能（Segmentation Options）
全測定波長での適応セグメンテーション	X	X	X
全測定波長での自動大津式（OTSU）二値化セグメンテーション	X	-	X
円形クロップ（Circle Crop）	X	X	X
矩形クロップ（Rectangular Crop）	X	X	X
HSV 色空間セグメンテーション	X	X	X
LAB 2チャンネル K-means クラスタリング	X	X	X
LAB 2チャンネルセグメンテーション	X	-	X
形態学的セグメンテーション（Morphological）	X	X	X
手動関心領域設定（Manual ROI）	X	-	X
自動 ROI 検出（Auto ROI Detection）	X	-	X
マルチマスク（複数領域指定）機能	X	-	X
スプレー斑点解析（GFP使用）	-	-	X
スプレー斑点解析（UV使用）	-	-	X
葉面スプレー斑点解析	-	-	X
試験紙スプレー斑点解析	-	-	X
対応ワークフロー（Possible Workflows）
RGB 画像用ワークフローの読み込みと実行	X	X	X
PhenoVation データ用ワークフローの読み込みと実行	-	X	X
RGB 画像用ワークフローの読み込みと自動バッチ実行	X	X	X
PhenoVation データ用ワークフローの読み込みと自動バッチ実行	-	-	X
データ表示・出力形式（Data presentation of all measured indices）
RAW（生データ）表示	X	X	X
RAW データの TIFF 画像出力	X	X	X
画像全体セグメンテーションデータの TIFF 画像出力	X	X	X
関心領域（ROI）セグメンテーションデータの TIFF 画像出力	X	-	X
画像ごとの平均値 TXT ファイル出力	X	X	X
画像内オブジェクト（個体）ごとの平均値 TXT ファイル出力	X	-	X
計算画像ごとのヒストグラム表示	X	X	X
計算画像ごとのヒストグラム CSV ファイル出力	X	X	X
ROI（関心領域）ごとのヒストグラム表示	X	-	X
ROI（関心領域）ごとのヒストグラム CSV ファイル出力	X	-	X

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